Zasady funkcjonowania
Orzeczenia kolegium zapadają po przeprowadzeniu rozprawy lub na posiedzeniu niejawnym. Orzeczenia kolegium, co do zasady, wydawane są w formie decyzji albo postanowień. Kolegium wydaje orzeczenia po odbyciu niejawnej narady składu orzekającego, obejmującej dyskusje oraz głosowanie nad orzeczeniem i zasadniczymi motywami rozstrzygnięcia. Sprawę przedstawia członek kolegium wyznaczony jako jej sprawozdawca. Orzeczenia zapadają większością głosów. Członek składu orzekającego nie może wstrzymać się od głosu. Członek składu orzekającego, który został przegłosowany, ma prawo zgłosić przy podpisywaniu orzeczenia zdanie odrębne, uzasadniając je na pismie w terminie 7 dni od dnia odbycia narady. Orzeczenia kolegium podpisują wszyscy członkowie składu nie wyłączając przegłosowanego.
Kolegium orzeka w składzie trzyosobowym, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej. Składowi orzekającemu przewodniczy prezes lub etatowy członek kolegium. Zasady wyznaczania składów orzekających określa regulamin kolegium. Członkowie kolegium nieposiadający wykształcenia prawniczego lub administracyjnego są wyznaczani do składów orzekających z uwzględnieniem ich kwalifikacji zawodowych. Przy orzekaniu członkowie składów orzekających kolegium są związani wyłącznie przepisami powszechnie obowiazującego prawa. Kontrolę orzecznictwa kolegiów sprawuje sąd administracyjny na zasadach i w trybie określonych przepisami ustawy o Naczelnym Sądzie Administracyjnym. Z racji charakteru organu jakim są Samorządowe Kolegia Odwoławcze należy stwierdzić, że sprawy przyjmowane są głównie w formie odwołań od decyzji i zażaleń na postanowienia. Zgodnie zaś z przepisami k.p.a. i Ordynacji podatkowej, odwołania i zażalenia wnosi się do Samorządowego Kolegium Odwoławczego za pośrednictwem organu, który daną decyzję lub postanowienie wydał. Wyjątkiem od tej zasady jest sytuacja gdy to Samorządowe Kolegium Odwoławcze wydało decyzję jako organ I instancji - wtedy wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy wnosi się bezpośrednio do Samorządowego Kolegium Odwoławczego (osobiście lub za pośrednictwem poczty).